Provozní změny

Z MetaCentrum
Přejít na: navigace, hledání


RSS změny


POZOR!!! Od května 2013 jsou provozní změny zapisovány přímo do novinek MetaCentra (viz web MetaVO)

24.4.2013: Nová verze aplikace Gromacs (v. 4.6.1)

Klíčová slova: Gromacs

Dnes jsme do infrastruktury doinstalovali novou verzi aplikace Gromacs (programový balík umožňující definovat základní úlohy v oblasti molekulové mechaniky a dynamiky), a to ve verzi 4.6.1. Tato nová verze je kompilovaná s podporou paralelních, distribuovaných (MPI), a GPU výpočtů, přičemž je připravena i verze s rozšířením PLUMED. Více viz stránky aplikace Gromacs.

22.4.2013: Příští týden zapínáme zabíjení úloh využívajících více prostředků než o kolik požádaly

Chtěli bychom Vás upozornit na skutečnost, že po roce rozesílání informativních e-mailů o překračování zažádaných limitů na paměť a procesory, zapínáme příští týden zabíjení úloh i na PBS serveru @arien (na PBS serveru @wagap je zabíjení úloh už delší dobu zapnuté).

Údaje o spotřebovaných zdrojích naleznete ve výpise qstat -f <jobID> nebo v aplikaci PBSMon na webu http://metavo.metacentrum.cz/cs/state/personal .

Prosíme, zkontrolujte si, jestli Vaše běžně zadávané úlohy dané limity nepřekračují. Více informací najdete na stránce Příčiny nestandardního skončení úlohy.

9.4.2013: Nový SW: CLUTO v. 2.1.2a

Klíčová slova: Cluto

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci CLUTO (nástroj pro clusterování jak málo, tak mnoho rozměrných datových sad a pro analýzu vlastností různých klastrů; nástroj je vhodný pro clustering dat z mnoha různých aplikačních oblastí) ve verzi 2.1.2a. Více viz stránky věnované aplikaci Cluto.

2.4.2013: Nová verze aplikace BWA (v. 0.7.3a)

Klíčová slova: BWA

Dnes jsme do infrastruktury doinstalovali novou verzi aplikace BWA (program pro zarovnávání relativně krátkých nukleotidových sekvencí proti dlouhým referenčním sekvencím), a to ve verzi 0.7.3a. Nová verze obsahuje nový zarovnávací algoritmus zvaný BWA-MEM -- více viz stránky aplikace BWA.

15.3.2013: Nová verze aplikace Moses (v. 1.0)

Klíčová slova: Moses, MPI

Dnes jsme do infrastruktury doinstalovali novou verzi aplikace Moses (systém pro statistický strojový překlad), a to ve verzi 1.0 (původně pouze beta release). Nová verze je kompilovaná s jazykovým modelem KenLM a s podporou distribuovaných výpočtů (MPI), včetně GIZA++ modelů -- více viz stránky aplikace Moses.

25.2.2013: Nová verze NVidia CUDA toolkitu (v. 5.0)

Klíčová slova: NVidia, CUDA

Dnes jsme do infrastruktury doinstalovali novou verzi NVIDIA CUDA toolkitu (sada nástrojů určených pro vývoj aplikací využívajících grafické procesory společnosti NVIDIA), a to ve verzi 5.0. Toolkit je možno zpřístupnit nahráním modulu cuda-5.0.

22.2.2013: Nový SW: NCO (netCDF Operator) ve verzi 4.2.5

Klíčová slova: NCO, netCDF

Dnes jsme v rámci infrastruktury zpřístupnili nový SW -- aplikaci NCO (netCDF Operator) (nástroj pro práci s daty ve formátu netCDF), a to ve verzi 4.2.5. Bližší informace jsou dostupné na stránkách aplikace NCO.

20.2.2013: Nová verze aplikace RepeatMasker (v. 4.0.0)

Klíčová slova: RepeatMasker

Dnes jsme do infrastruktury doinstalovali novou verzi aplikace RepeatMasker (nástroj hledající tzv. rozptýlené repetice v DNA sekvencích), a to ve verzi 4.0.0. Bližší informace jsou dostupné na stránkách aplikace RepeatMasker.

20.2.2013: Nový SW: Bam2fastq (v. 1.1.0) a BEAST (v. 1.7.0, 1.7.4, 2.0.1)

Klíčová slova: Bam2fastq, BEAST

Dnes jsme v rámci infrastruktury zpřístupnili nový SW -- aplikaci Bam2fastq (nástroj pro ukládání a sdílení dat z moderních a paralelních sekvencerů) ve verzi 1.1.0 a aplikaci BEAST (cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences) ve verzích 1.7.0, 1.7.4, 2.0.1. Bližší informace jsou dostupné na stránkách aplikací Bam2fastq a BEAST.

18.2.2013: Nový SW: Octave ve verzi 3.6.3

Klíčová slova: Octave

Dnes jsme v rámci infrastruktury zpřístupnili nový SW -- aplikaci Octave (vysokoúrovňový interpretovaný jazyk, primárně určený pro numerické výpočty), a to ve verzi 3.6.3. Bližší informace jsou dostupné na stránkách aplikace Octave.

15.2.2013: Nový SW: Turbomole ve verzi 6.4

Klíčová slova: Turbomole

Dnes jsme v rámci infrastruktury zpřístupnili nový SW -- aplikaci Turbomole (balík programů pro "ab initio Electronic Structure" výpočty), a to ve verzi 6.4. Bližší informace jsou dostupné na stránkách aplikace Turbomole.

15.2.2013: Uvolnění části clusteru hildor do provozu

Klíčová slova: hildor

K dnešnímu dni jsme zpřístupnili část strojů nového clusteru hildor do provozu (HW konfigurace clusteru -- viz stránky MetaVO). V případě problémů s výpočtem úloh na těchto uzlech nás prosíme kontaktujte.

14.2.2013: Dokončení reinstalace clusteru konos na Debian 6 ("Squeeze")

Klíčová slova: konos, debian

K dnešnímu dni jsme dokončili reinstalaci všech uzlů clusteru konos z Debianu 5 na Debian 6 (v souvislosti s tím byly i patřičně upraveny vlastnosti těchto uzlů).

7.2.2013: Zrušení frontendu konos.fav.zcu.cz

Klíčová slova: frontend, čelní uzel, konos

K dnešnímu dni jsme bez náhrady zrušili frontend (čelní uzel) konos.fav.zcu.cz (konos.metacentrum.cz). Ty z Vás, kteří tento čelní uzel využívali, prosíme o využití jiného čelního uzlu -- např. uzlu minos.zcu.cz (minos.metacentrum.cz) nebo uzlu nympha.zcu.cz (nympha.metacentrum.cz), které se rovněž nachází v Plzni. Seznam všech dostupných čelních uzlů naleznete na stránce Čelní uzel.

18.1.2013: Nový cluster s GPU a změna režimu přístupu ke GPU zdrojům

Klíčová slova: GPU

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový GPU cluster Gram s 10x16 CPU Intel Xeon E5-2670 a 4x nVidia Tesla M2090 6GB v každém uzlu [1].

Změna režimu přístupu ke GPU:

  • 2 volně dostupné fronty s vyšší prioritou pro úlohy požadující GPU: 24 hodinová gpu a gpu_long pro delší úlohy, o přístup do obou front už není nutné žádat.
  • Fronta gpu je nastavená na clusteru Gram i Konos, fronta gpu_long pouze na Gram.
  • Vlastníci clusteru Konos mohou své GPU úlohy zadávat přes prioritní frontu ITI.
  • Fronty short, normal a backfill mají nižší prioritu a obsluhují ne-GPU úlohy.

Návody a další informace viz GPU.

3.1.2013: Nová verze Coreutils (8.20)

Klíčová slova: coreutils

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali novou verzi sady nástrojů coreutils (základní sada nástrojů pro manipulaci se soubory, textem či jinými shellovými utilitami) ve verzi 8.20. Přestože jsou tyto nástroje součástí operačního systému na všech strojích infrastruktury, samostatný modul je poskytován z důvodu pokročilé funkcionality nejnovější verze těchto nástrojů (např. paralelní zpracování příkazem sort). Více viz stránky věnované těmto utilitám: Coreutils.

26.11.2012: Nové verze aplikace Edena verze 3 (build 120926)

Klíčová slova: Edena, paralelní

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali novou verzi aplikace Edena v. 3 (build k 120926) (de novo assembler pro ready o krátké délce, jež jsou produktem sekvenování nové generace). Oproti předchozí verzi podporuje tato nová verze paralelizaci výpočtu (viz $ edena3-120926 -h). Více viz stránky věnované aplikaci Edena.

23.11.2012: Nové verze knihoven Numpy (1.6.2) a Scipy (0.11.0)

Klíčová slova: Scipy, Numpy

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali nové verze knihoven Numpy (1.6.2) (rozšíření jazyka Python týkající se číselných polí, matic a základních operací nad nimi) a Scipy (0.11.0) (další rozšíření jazyka Python, které používá Numpy k pokročilé matematice, řízení signálů, optimalizaci, statistice, atp.). Oproti předchozím verzím jsou tyto nové verze kompilovány s využitím Intel MKL knihoven, což ve svém důsledku představuje výrazné urychlení výpočtů. Více viz stránky věnované aplikacím Numpy a Scipy.

19.11.2012: Nový SW: BWA (Burrows-Wheeler Alignment) v. 0.6.2

Klíčová slova: BWA

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali nástroj BWA (Burrows-Wheeler Alignment) (efektivní program pro zarovnávání relativně krátkých nukleotidových sekvencí proti dlouhým referenčním sekvencím, jako je například lidský genom) ve verzi 0.6.2. Více viz stránky věnované aplikaci BWA.

12.11.2012: Nový SW: Ansys CFD v. 14.5

Klíčová slova: Ansys, CFD, Fluent, CFX, CFD, ICEM, WorkBench, HPC.

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci Ansys CFD (produkt společnosti Ansys kombinující dva základní nástroje určené pro modelování a simulaci toků/proudění různých veličin – Ansys Fluent a Ansys CFX) ve verzi 14.5, licencované na maximální počet 25 souběžných spuštění. Současně byly pořízeny i balíčky produktu Ansys HPC (každá licence umožňuje distribuci výpočtu ze standardních 4 na další dostupný -- lokální nebo vzdálený -- procesor) v množství 60ks. Více viz stránky věnované aplikaci Ansys_CFD.

6.11.2012: Navýšení počtu licencí toolboxu Matlab Distributed Server/Engine o 128ks

Klíčová slova: Matlab, DCS, licence

Ke dnešnímu dni jsme provedli navýšení množství dostupných licencí toolboxu Matlab Distributed Server/Engine (toolbox pro distribuované výpočty v prostředí aplikace Matlab) z původních 32ks o 128ks (nyní je k dispozici 160 licencí). Více viz stránky věnované aplikaci Matlab.

24.10.2012: Nová verze SW MATLAB (8.0) a navýšení počtu licencí základního programu Matlab o 100ks

Klíčová slova: Matlab, licence

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali novou verzi výpočetního prostředí Matlab (integrovaný systém zahrnující nástroje pro symbolické a numerické výpočty, analýzu, modelování a vizualizaci dat) -- a to verzi 8.0. Zároveň jsme navýšili množství dostupných licencí základního programu Matlab o 100ks (nyní je k dispozici 350 licencí). Více viz stránky věnované aplikaci Matlab.

23.10.2012: Nový SW: ELK FP-LAPW v. 1.4.22

Klíčová slova: ELK

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci ELK FP-LAPW (All-Electron Full-Potential Linearised Augmented-Plane Wave -- nástroj pro určení vlastností krystalických pevných látek) ve verzi 1.4.22. Více viz stránky věnované aplikaci Elk_FP-LAPW.

17.10.2012: Nový SW: Mosaik v. 1.1 a v. 2.1

Klíčová slova: Mosaik

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci MOSAIK (referenční assembler pro skládání sekvencí genomu) ve verzích 1.1 a 2.1. Více viz stránky věnované aplikaci Mosaik.

15.10.2012: Nový SW: Allinea DDT (Distributed Debugging Tool) v.3.2

Klíčová slova: Allinea DDT, debugger

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali další ladící nástroj, tentokrát od společnosti Allinea -- aplikaci Allinea DDT (Distributed Debugging Tool) (druhý nejrozšířenější ladící nástroj určený pro ladění paralelních/distribuovaných programů využívajících OpenMP/MPI knihoven) ve verzi 3.2. Více viz stránky věnované aplikaci Allinea DDT.

12.10.2012: Nový SW: IDV (Integrated Data Viewer) v. 3.1

Klíčová slova: IDV

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci IDV (Integrated Data Viewer) (softwarový systém pro zobrazení a analýzu geoscience dat) ve verzi 3.1. Více viz stránky věnované aplikaci IDV.

11.10.2012: Nový SW: Scilab v. 5.4.0

Klíčová slova: Scilab

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci Scilab (volně šiřitelný program pro numerické výpočty podobný systému MATLAB) ve verzi 5.4.0. Více viz stránky věnované aplikaci Scilab.

10.10.2012 Nová aplikace pro zadávání publikací

Klíčová slova: publikace, vykazování

Připravili jsme nový nástroj pro zadávání publikací s poděkováním.

Publikace se zadávají v uživatelské sekci grafického rozhraní nové verze systému Perun, který slouží k jednotné správě prostředků a uživatelských účtů. Do aplikace se přihlásíte loginem a heslem z MetaCentra. Za vykázané publikace s poděkováním zvýhodňujeme autory v přístupu k výpočetním prostředkům.

Novinky v aplikaci pro vkládání publikací:

  • Import publikací z informačních systémů pro uživatele ze ZČU a MU.
  • Každá publikace má přiřazenu kvalitu dosaženého výsledku (bodovaná v RIVu, nebodovaná v RIVu, neexportovaná,...), komu bylo děkováno a rok vydání.
  • Ke každé publikaci je možné přidat více spoluautorů, členů MetaCentra.
  • Aplikace hlídá duplicitní publikace.
  • Podrobný kontextový návod je součástí aplikace.

Prosíme, zkontrolujte si, zda máte zadané všechny starší publikace. Ze staré databáze jsme exportovali publikace od roku 2009. Publikace starší 3 let nemají vliv na výpočet fairshare.

3.10.2012 Další bioinformatický software

Do nabízených aplikací jsme přidali

  • Allpaths Genome Sequencing a Analysis program
  • Cap3-pCap Sequence Assembly program
  • WGS asembler pro rekonstrukci DNA sekvencí
  • Novoalign genome analyser
  • Amos genome asembler
  • Fastx preprocesing souborů Fasta/Fastq
  • IDBA De Bruijn Graph De Novo asembler sekvencí
  • Ray de novo asembler pro next generation sekvenční data
  • ClustalWX grafický interface pro ClustalW "multiple sequence alignment program"
  • ClustalOmega multiple sequence alignment (MSA)
  • SPAdes St. Petersburg genome asembler

2.10.2012: Nový SW: TotalView v. 8.10

Klíčová slova: TotalView, debugger

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci TotalView (nejrozšířenější ladící nástroj poskytující interaktivní grafické rozhraní pro ladění jak jednovláknových, tak paralelních/distribuovaných programů, podporující rovněž ladění CUDA aplikací) ve verzi 8.10. Více viz stránky věnované aplikaci TotalView.

1.10.2012: Nový SW: Moses v. 1.0beta

Klíčová slova: Moses

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci Moses (systém pro statistický strojový překlad) ve verzi 1.0beta (sestavení ke dni 26.9.2012). Více viz stránky věnované aplikaci Moses.

6.9.2012: Nová verze SW Matlab: 7.14

Klíčová slova: Matlab

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali novou verzi výpočetního prostředí Matlab (integrovaný systém zahrnující nástroje pro symbolické a numerické výpočty, analýzu, modelování a vizualizaci dat) -- a to verzi 7.14. Instalace této verze je stejně jako verze 7.13 obohacena o možnost integrace s výpočetním prostředím Maple (tzv. Maple toolbox for Matlab). Více viz stránky věnované aplikaci Matlab.

5.9.2012: Nová verze SW Maple: 16

Klíčová slova: Maple

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali novou verzi výpočetního prostředí Maple (prostředí pro symbolické výpočty, řešení vědeckých a inženýrských problémů, matematické zkoumání, vizualizaci dat a tvorbu technických publikací) -- a to verzi 16. Instalace této verze je stejně jako verze 15 obohacena o možnost integrace s výpočetním prostředím Matlab (tzv. Maple toolbox for Matlab). Více viz stránky věnované aplikaci Maple.

5.9.2012: Nový bioinformatický software

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali

  • Blast - hledá regiony podobnosti mezi sekvencemi. Program porovnáva nukleotidové nebo proteinové sekvence s databázi sekvenci a počíta signifikanci podobnosti.
  • Fasta - je DNA a proteinový softwarový balík pro 'sequence alignment' poprvé popsaný jako FASTP autory David J. Lipman a William R. Pearson v roce 1985.
  • Muscle - je program pro tvorbu vícenásobných alignmentů aminokyselin nebo nukleových sekvencí.
  • Mira - je asembler sekvencí pro celý genome a EST sekvenční data.
  • Trinity - poskytuje novou metodu pro efektivní a robusní de novo rekonstrukci transcriptomů z RNA sekvencí.
  • Bowtie - je velmi rychlý paměťové efektivní aligner pro krátká čtení.
  • TopHat - je rychlý "splice junction mapper" pro RNA sekvence.
  • Cufflinks - sestavuje transkripce, odhaduje jejich četnost a testuje rozlišující výrazy a regulace v RNA sekvencích.
  • SAMtools - přináší různé nástroje pro manipulaci alignmentů v SAM formátu, zahrnující třídění, slučování, indexování a generování alignmentů v per-position formátu.
  • Oases - je de novo transcriptome asembler navržený produkovat transkripce z technologií s krátkým čtením (Illumina, SOLiD, ..).
  • MUMmer - je systém pro alignování celých genomů, kompletních nebo jen částí.
  • Emboss - je open source software vyvinutý pro potřeby molekulární biologie.
  • ViennaRNA - balík se skládá z C knihovny a několika samostatných programů pro predicky a porovnání sekundráních struktur RNA.
  • Unafold - jednotný Nucleic Acid Folding a hybrydizační balík.

28.8.2012: Nová verze SW CMAQ: 5.0.1

Klíčová slova: CMAQ

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali novou verzi aplikace CMAQ (sada programů určená pro simulace výpočetních modelů znečištění ovzduší) -- a to verzi 5.0.1. Více viz stránky věnované aplikaci CMAQ.

13.8.2012: Nový SW: DMU, VCE, Survival Kit, BLUPF90

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikace:

  • DMU verze 6 (release 5) -- kolekce nástrojů pro analýzu vícerozměrných smíšených modelů (Multivariate Mixed Models) -- více viz DMU,
  • VCE verze 6.0.2 -- program pro obecný odhad kovariance matic podle obecného lineárního modelu -- více viz VCE,
  • Survival Kit verze 6.06 -- program primárně pro chovatele zvířat, poskytující metody analýzy přežití, vyvinuté v oblasti klinické biometrie (zajímavý však i pro jiné uživatele pracující s problémy velkých modelů a náhodných efektů) -- více viz Survival Kit,
  • BLUPF90 -- kolekce nástrojů pro modelové výpočty v chovu zvířat -- více viz BLUPF90.

7.8.2012: Navýšení počtu dostupných licencí SW Intel CDK verze 12

Klíčová slova: Intel CDK

K dnešnímu dni jsme navýšili množství dostupných licencí SW Intel CDK verze 12 (C/C++ kompilátory, Intel debugger, Intel Math Kernel Library, atp.) z dosavadního počtu 2 licencí na nový počet 4 paralelně využitelných licencí. Více viz stránky věnované aplikaci INTEL CDK.

19.7.2012: Nový SW: CMAQ

Klíčová slova: CMAQ

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikaci CMAQ v. 5.0 -- sadu programů určenou pro simulace výpočetních modelů znečištění ovzduší. Více viz stránky věnované aplikaci CMAQ.

16.7.2012: Nasazení pomocného skriptu aplikace Gaussian (skript g09-prepare) pro automatizovanou specifikaci dostupných zdrojů

Klíčová slova: Gaussian

Pro usnadnění specifikace dostupných zdrojů (procesory, paměť, scratch) ve vstupních souborech aplikace Gaussian byl připraven a nasazen pomocný skript g09-prepare, který po předání vstupního souboru v tomto automaticky nastaví parametry %nproc (počet procesorů), %mem (velikost využitelné paměti) a %rwf (velikost dočasného scratch úložiště) tak, aby tyto korespondovaly se zdroji úloze skutečně přidělenými. V souvislosti s tímto byla také zaktualizována dokumentace aplikace Gaussian, kde rovněž naleznete příklady použití tohoto pomocného skriptu.

12.7.2012: Nový SW: Quantum Espresso a NWChem

Klíčová slova: Quantum Espresso, NWChem

Do portfolia nabízených aplikací jsme přidali aplikace Quantum Espresso v. 5.0 (výpočty elektronické struktury a materiálového modelovaní) a NWChem v. 6.0 (výpočty vlastností molekulárních a periodických systémů s využitím standardních kvantových mechanických popisů elektronické vlnové funkce nebo hustoty). Více viz stránky věnované těmto aplikacím: Espresso, NWChem.

27.6.2012: Nová verze SW: Structure (verze 2.3.3)

Klíčová slova: Structure

Dnes jsme přidali novou verzi programu Structure (software na zjišťování populační struktury na základě genotypových dat) -- stávající nabídka verze 2.2.3 byla rozšířena o verzi 2.3.3. Více viz stránky věnované aplikaci Structure.

15.6.2012: Zavedení vlastnosti hyperthreading

Klíčová slova: hyperthreading

Každému stroji s podporou Hyper-threadingu jsme nově nastavili vlastnost hyperthreading. Používejte tuto vlastnost pouze s volbou #excl. Následující zadání vyhradí úloze celý stroj, bez ohledu na počet zadaných cpu. Úloha může využívat všechny cpu a veškerou paměť, která je na daném stroji k dispozici.

qsub -l nodes=1:ppn=1:hyperthreading#excl 

11.6.2012: Nový přístup pro práci se scratchi

Klíčová slova: scratch

První etapa plánované reorganizace práce se scratch úložišti umožní lépe kontrolovat a především vynucovat množství místa zabraného na scratch úložišti a dále čistit /scratch bezprostředně po doběhnutí úloh.

Hlavní změny

  • prolog při spuštění úlohy nově vytvoří podadresář job_$PBS_JOBID v adresáři /scratch/$USER/
  • systémová proměnná $SCRATCHDIR bude automaticky odkazovat na přidělené místo do /scratch/$USER/job_$PBS_JOBID
  • pro úlohy náročné na velikost scratche jsme zřídili velký, rychlý a sdílený /scratch.shared (35 TB, cluster mandos)



POZOR: Ve svých startovacích skriptech důsledně specifikujte velikost požadovaného scratche. Pro přístup na scratchové úložiště využívejte systémovou proměnnou $SCRATCHDIR. Nepoužívejte již pevnou cestu k datům ve /scratch/$USER! Nemusíte tak přemýšlet nad tím, zda úloha využije sdílený nebo lokální scratch.



Důsledky pro uživatele

  • Plánovač, podle specifikovaného požadavku na velikost a typ dočasného adresáře, zajistí přidělení takového stroje, ve kterém je v době spuštění úlohy dostatek místa ve scratchi.
    • velikost požadovaného místa ve scratchi: parametr -l scratch=<size_in_KB> (defaultní hodnota XXX KB)
    • typ scratchového úložiště: nepovinný parametr -l scratch_type=<local|shared|ssd|first>
      • scratch_type=local ... požadavek na scratch úložiště na lokálním disku (lokálních discích v případě paralelní úlohy); požadovaná velikost je rovnoměrně rozpočtena mezi všechny přidělené uzly
      • scratch_type=shared ... požadavek na scratch úložiště na rychlém sdíleném svazku; požadovaná velikost je aplikována na přidělený adresář
      • scratch_type=ssd ... požadavek na scratch úložiště na SSD discích; požadovaná velikost je v případě paralelní úlohy rovnoměrně rozpočtena mezi všechny přidělené uzly
      • scratch_type=first ... požadavek na scratch úložiště v případě paralelní úlohy pouze na hlavním uzlu; požadovaná velikost je aplikována na přidělený adresář hlavního uzlu
      • v případě nezadání typu požadovaného scratche bude scratchový prostor automaticky přidělen (na základě požadované velikosti a aktuálního stavu infrastruktury)
  • Prolog při startu úlohy nově přidělí místo ve scratchi (podadresář /scratch/$USER/job_$PBS_JOBID). Adresář /scratch/$USER již nebude pro uživatele zapisovatelný; pokud v něm potřebujete dočasně nasdílet data pro více úloh, kontaktujte nás (meta@cesnet.cz).
  • Systémová proměnná $SCRATCHDIR zajistí správný odkaz na scratchové úložiště přidělené prologem (např. SCRATCHDIR=/scratch/jeronimo/job_871320.arien.ics.muni.cz/). Příklad použití: cp vstup.txt $SCRATCHDIR, cd $SCRATCHDIR, atp.

Druhá etapa reorganizace bude spočívat v nasazení diskových kvót (vyžaduje změny plánovače), čímž zajistíme důsledné omezování prostorově extenzivních úloh. V rámci této etapy (či v bezprostředně následující) pak bude nasazen i tzv. "scratchový hrobeček", na který budeme automaticky stěhovat (a po definovanou dobu udržovat) data již ukončených úloh (tak, aby nezabírala scratchový prostor úlohám novým).

31.5.2012: Omezení práv k programu RepeatMasker

Klíčová slova: RepeatMasker, licence, přístup

K dnešnímu dni jsme omezili přístup k programu RepeatMasker pouze pro uživatele, kteří vyjádřili explicitní souhlas s jeho licenčními podmínkami. Vyjádřit souhlas s licencí můžete zde, více informací k použití programu se dočtete zde.