Jak počítat/Rychlý start

Z MetaCentrum
Přejít na: navigace, hledání

(English version)

Příbuzná témata
Jak počítat
Práce s daty
PBS Pro Quick Start [PDF]

Tento krok-za-krokem návod vám ukáže, jak na si MetaCentrových strojích spustit jednoduchou úlohu. Pro více informací si přečtěte stránku Jak počítat. Toto téma je také zpracované ve formě video návodu, který ukazuje postup na Windows.

ZarovkaMala.png Note: Budete potřebovat terminál, uživatelé Windows mohou použít PuTTY.

1. Přihlaste se na čelní uzel

Příbuzná témata
Přístup na stroje

Napište následující příkaz do vašeho terminálu a vyplňte vaše META heslo:

ssh 'META username'@'frontend'
Password: <Enter META password>

V příkazu ssh použijete vaše uživatelské jméno, které jste si zvolili při registraci do MetaCentra. Můžete se přihlásit na libovolný čelní uzel, jedním z nich je např. skirit.metacentrum.cz.

2. Připravte si dávkový skript

Příbuzná témata
Dávkové úlohy

Vytvořte si soubor myJob.sh (ve vašem oblíbeném textovém editoru) s následujícími řádky:

#!/bin/bash
# sets home directory
DATADIR="/storage/brno2/home/$LOGNAME/"
# loads the Gaussian's module, version 03
module add g03
# setup SCRATCH cleaning in case of an error
trap 'clean_scratch' TERM EXIT
# enters user's scratch directory
cd $SCRATCHDIR || exit 1
# prepares job's input data
wget http://www.cerit-sc.cz/en/docs/quickstart/gaussian_test.com
# starts the Gaussian application
g03 <gaussian_test.com >results.out
# moves the produced (output) data to user's home directory or leave it in SCRATCH if error occured 
cp results.out $DATADIR || export CLEAN_SCRATCH=false

3. Specifikujte parametry úlohy & odešlete úlohu

Příbuzná témata
Žádání zdrojů

Napište následující příkaz do vašeho terminálu:

qsub -l select=1:ncpus=2:mem=4gb:scratch_local=10gb -l walltime=1:00:00 myJob.sh

Uvidíte výstup s identifikátorem vaší úlohy – jobID, např. 12345.arien-pro.ics.muni.cz.

4. Sledování stavu úlohy

Příbuzná témata
Sledování stavu úlohy


Ke sledování můžete použít jobID a příkaz qstat. Napište tyto řádky do vašeho terminálu:

qstat 'jobID'.arien-pro.ics.muni.cz #vypíše úlohy ve frontě či běžící úlohy
qstat -x 'jobID'.arien-pro.ics.muni.cz #vypíše ukončené úlohy

Měli byste vidět výstup podobný těmto řádkám:

                                                                   Req'd  Req'd   Elap
Job ID          Username        Queue    Jobname    SessID NDS TSK Memory Time  S Time
--------------- --------------- -------- ---------- ------ --- --- ------ ----- - -----
12345.arien-pr 'your username'  q_2h     myJob.sh   6866   1   8   2gb    01:00 F 00:00 # F=Finished, R=running, Q=Queued

5. Prozkoumejte standardní výstup a standardní chybový výstup úlohy

Příbuzná témata
Správa úlohy


Po skončení úlohy je možné zkoumat její výstup v terminálu:

cat ~/results.out   # job's output data
cat ~/myjob.sh.o12345   # job's standard output, empty for now (forwarded to results.out)
cat ~/myjob.sh.e12345   # job's standard error output