Jak počítat/Rychlý start

Z MetaCentrum
Přejít na: navigace, hledání

(English version)

Příbuzná témata
Jak počítat
Práce s daty
PBS Pro Quick Start [PDF]

Tento návod vám ukáže krok za krokem, jak si na strojích MetaCentra spustit jednoduchou výpočetní úlohu. Pro více informací si můžete přečíst stránku Jak počítat. Toto téma je také zpracovano ve formě video návodu, který ukazuje postup na Windows.

ZarovkaMala.png Note: Budete potřebovat terminál, uživatelé Windows mohou použít PuTTY.

1. Přihlaste se na čelní uzel

Příbuzná témata
Přístup na stroje

Napište následující příkaz do vašeho terminálu a vyplňte vaše heslo:

ssh <USERNAME>@skirit.metacentrum.cz
Password: <Enter META password>

V příkazu ssh použijete vaše uživatelské jméno. Uživatelské jméno i heslo jste si zvolili při registraci do MetaCentra. Místo skirit.metacentrum.cz můžete k přihlášení použít libovolný z existujících čelních úzlů.

2. Připravte si dávkový skript

Příbuzná témata
Dávkové úlohy

Ve vašem oblíbeném textovém editoru si vytvořte textový soubor myJob.sh s následujícím obsahem:

#!/bin/bash

# nastaveni domovskeho adresare, v promenne $LOGNAME je ulozeno vase prihlasovaci jmeno
DATADIR="/storage/brno2/home/$LOGNAME/"

# nacteni aplikacniho modulu, ktery zpristupni aplikaci Gaussian verze 3
module add g03

# nastaveni automatickeho vymazani adresare SCRATCH pro pripad chyby pri behu ulohy
trap 'clean_scratch' TERM EXIT

# vstup do adresare SCRATCH, nebo v pripade neuspechu ukonceni s chybovou hodnotou rovnou 1
cd $SCRATCHDIR || exit 1

# priprava vstupnich dat (kopirovani dat na vypocetni uzel)
cp $DATADIR/gaussian_test.com $SCRATCHDIR

# spusteni aplikace - samotny vypocet
g03 <gaussian_test.com >results.out

# kopirovani vystupnich dat z vypocetnicho uzlu do domovskeho adresare,
# pokud by pri kopirovani doslo k chybe, nebude adresar SCRATCH vymazan pro moznost rucniho vyzvednuti dat
cp results.out $DATADIR || export CLEAN_SCRATCH=false

První řádka specifikuje, že se jedná o dávkový skript pro unixový shell Bash. Další řádky, které začínají znakem #, jsou komentáře. O vytvoření adresáře SCRATCH je potřeba požádat při specifikaci požadavků úlohy (viz níže).

3. Specifikujte parametry úlohy & odešlete úlohu

Příbuzná témata
Žádání zdrojů

Žádost o rezervaci výpočetních prostředků včetně jejich specifikace, se provádí pomocí příkazu qsub. Ve vašem terminálu můžete použít příkaz např. s následujícími parametry:

qsub -l select=1:ncpus=2:mem=4gb:scratch_local=10gb -l walltime=03:00:00 myJob.sh

Výše uvedeným příkazem si požádáte o 1 výpočetní uzel, 2 CPU jádra, 4 GB operační paměti, 10 GB diskového prostoru v adresáři SCRATCH umístěném přímo na výpočetním uzlu (local). Walltime je odhad maximálního možného trvání úlohy, v tomto případě jsou to 3 hodiny.

Po zadání příkazu uvidíte výstup s identifikátorem vaší úlohy – jobID, např. 12345.arien-pro.ics.muni.cz.

4. Sledování stavu úlohy

Příbuzná témata
Sledování stavu úlohy

Ke sledování vašich úloh můžete využít webové rozhraní PBSmon.

Úlohy může rovněž sledovat i v terminálu za pomocí příkazu qstat. Napište tyto řádky do vašeho terminálu:

qstat 'jobID'.arien-pro.ics.muni.cz # vypise ulohy ve fronte ci bezici ulohy
qstat -x 'jobID'.arien-pro.ics.muni.cz # vypise i ulohy, ktere jiz skoncily
qstat -xu <USERNAME> # vypise vsechny ulohy daneho uzivatele vcetne jiz ukoncenych

5. Prozkoumejte standardní výstup a standardní chybový výstup úlohy

Příbuzná témata
Správa úlohy

Po dokončení úlohy je možno prozkoumat její výstup i vyprodukované výsledky:

cd adresar/s/vysledky
cat ~/results.out   # soubor s výsledky
cat ~/myjob.sh.o12345   # soubor se standardnim vystupem
cat ~/myjob.sh.e12345   # soubor se standardnim chybovym vystupem