Čelní uzel
|
Metacentrum wiki is deprecated after March 2023
Dear users, due to integration of Metacentrum into https://www.e-infra.cz/en (e-INFRA CZ service), the documentation for users will change format and site. The current wiki pages won't be updated after end of March 2023. They will, however, be kept for a few months for backwards reference. The new documentation resides at https://docs.metacentrum.cz. |
Čelní uzel (frontend) je v MetaCentru stroj, na který se uživatelé mohou hlásit přímo, bez rezervace. Přihlašujte se na čelní uzly, nikoliv na jednotlivé uzly clusterů.
Seznam čelních uzlů:
| Machine name | System | Home directory | PBS server | Note | |
|---|---|---|---|---|---|
| skirit.ics.muni.cz | Debian 11 | /storage/brno2/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | ||
| alfrid.meta.zcu.cz | Debian 11 | /storage/plzen1/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | ||
| tarkil.grid.cesnet.cz | Debian 11 | /storage/praha1/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | ||
| nympha.zcu.cz | Debian 11 | /storage/plzen1/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | ||
| charon.nti.tul.cz | Debian 11 | /storage/liberec3-tul/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | ||
| minos.zcu.cz | Debian 11 | /storage/plzen1/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | alias for nympha.zcu.cz | |
| perian.grid.cesnet.cz | Debian 11 | /storage/brno2/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | ||
| onyx.metacentrum.cz | Debian 11 | /storage/brno2/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | alias for perian.grid.cesnet.cz | |
| tilia.ibot.cas.cz | Debian 11 | /storage/pruhonice1-ibot/home/ | meta-pbs.metacentrum.cz | Cluster of the Institute of Botany, CAS | |
| zuphux.cerit-sc.cz | CentOS 7.9 | /storage/brno3-cerit/home/ | cerit-pbs.cerit-sc.cz | ||
| elmo.elixir-czech.cz | Debian 11 | /storage/praha5-elixir/home/ | elixir-pbs.elixir-czech.cz |
Fungují i tatáž jména v doméně metacentrum.cz, tj. např. skirit.metacentrum.cz.
V případě problému s některým čelním uzlem je možné využít kterýkoliv z dalších čelních uzlů uvedených v tabulce.
Pro spouštění výpočtu v centru CERIT-SC je třeba směrovat úlohy do plánovače (PBS serveru) cerit-pbs. Na kterémkoliv čelním uzlu standardně nastaveném na PBS server meta-pbs proveďte následující příkaz:
export PBS_SERVER=cerit-pbs.cerit-sc.cz
Note: Aktuální seznam SSH klíčů https://metavo.metacentrum.cz/ssh_known_hosts
Note: SHA256 otisky pro SSH klíče https://metavo.metacentrum.cz/ssh_known_hosts.fp
Použití čelních uzlů
Prosím berte v úvahu, že čelní uzly jsou sdíleny všemi uživateli. Pokud potřebujete provádět interaktivně nějakou náročnější činnost, která by mohla zpomalovat čelní uzel a znepříjemňovat tak jeho používání ostatním uživatelům (například rozbalování nebo zabalování velkého množství dat programy typu tar, zip, nebo kompilace programů), neprovádějte je na čelním uzlu, ale na některém výpočetním uzlu, který si zarezervujete pomocí interaktivní úlohy.
Při manipulaci s velkými objemy dat zvolte přímý přístup na datová úložiště.
Domovské adresáře
Domovské adresáře uživatelů (tj. ty adresáře, v nichž se ocitnou ihned po přihlášení, a uložené v proměnné $HOME) jsou připojeny přes síť z nejbližšího diskového pole umístěného ve stejném městě. Tyto adresáře jsou dostupné i na všech výpočetních uzlech pod příslušnou cestou /storage/město/home/$LOGNAME.
Přihlášení
Na čelní uzly se hlaste pomocí protokolu ssh (secure shell), který šifruje veškerou komunikaci.
Pro přihlášení můžete použít všechny možnosti ssh, tj. heslo, Kerberos nebo ssh klíč.
Po přihlášení je pro práci nutné mít tzv. Kerberovské lístky. Bez lístků nelze zadávat úlohy příkazem qsub a nejsou přístupné adresáře připojené přes NFSv4 s volbou sec=krb5i, tedy podadresáře /storage připojené z jiných měst.
Při použití hesla se automaticky vygenerují Kerberovské lístky, není tedy třeba nic řešit.
POZOR: lístek platí pouze 10 hodin. Po expiraci je potřeba jej obnovit příkazem kinit. Platné lístky vypíše příkaz klist.
kinit 'META username'@META #vyzve k zadání hesla klist #vypíše aktuální stav lístků.
Při použití Kerbera lze delegovat lístky pomocí nastavení klienta (volba GSSAPIDelegateCredentials yes v souboru /etc/ssh/ssh_config nebo ~/.ssh/config, default volba je no, viz [1]).
WARNING: Při použití ssh klíče se Kerberovské lístky nevygenerují ani nedelegují. Po přihlášení ssh klíčem je tedy nutné zadat příkaz kinit a lístky si vytvořit příkazem kinit.
Uzel pro spouštění řídících úloh
Mezi uživateli se relativně často vyskytuje potřeba automatizovaně odesílat do plánovacího systému úlohy s různě parametrizovanými vstupy, či automatizovaně stanovit vstup a příp. i postup nové úlohy na základě výsledků úloh předchozích. Právě z tohoto důvodu byl vytvořen speciální výpočetní uzel oven.ics.muni.cz, na kterém mohou po dlouhou dobu běžet řídící či resubmitovací úlohy, tedy takové úlohy, které vytvářejí další úlohy. K tomuto uzlu lze přistupovat skrze plánovací systém PBS jako k bežnému výpočetnímu uzlu.